Hola G4t0bu3n0.
Yo he configurado en el trabajo un servidor SFTP con claves públicas y privadas, es muy seguro ya que si no tienes la clave no puedes tener acceso al servidor, o no deberías
Lo único "malo" para este sistema de seguridad es que debes tener esas claves, siempre puedes tenerlas en un enlace donde poder descargarlas en un fichero comprimido con clave (Por ejemplo).
El acceso lo hacía con filezilla o si lo vas a hacer mediante cliente linux por línea de comandos tan solo debes copiar la clave pública a la carpeta /root/.ssh
Hice un manual pero hasta el lunes que no vuelva al trabajo no podré pasártelo.
Saludos.